Akıllı cep telefonları ve cep bilgisayarlarında işletim sistemleri, cihazların genel kullanım özelliklerini belirliyor. Piyasada ağırlık gösteren iki işletim sistemi bulunuyor. Microsoft'un Windows Mobile'i ile Nokia'nın Symbian işletim sistemleri pazarda hakim durumda. Bu ikisinin yanı sıra iPhone ve Palm'in kendi özel işletim sistemi bulunuyor. Google tarafından geliştirilen Android işletim sistemi ise son zamanlarda piyasada etki göstermeye başladı.